Firewall sunucularında uygulanan yazılım güvenlik önlemleri, ağ trafiğini denetleyerek zararlı yazılımların ve saldırıların engellenmesini sağlar. Bu önlemler arasında güvenli parola politikaları, düzenli güncelleme ve yama uygulamaları, erişim kontrol listeleri, güvenilir kaynaklardan yazılım indirme, ihlal durumunda otomatik olarak tetiklenen alarm sistemleri bulunur. Ayrıca verilerin şifrelenmesi, kimlik doğrulama mekanizmaları ve günlük kayıtların tutulması da firewall sunucularında uygulanan güvenlik önlemleri arasındadır.
