E-ticaretin lojistik maliyetlere olan etkisi, geleneksel mağaza tabanlı satışlara kıyasla genellikle daha düşüktür. Çünkü e-ticarette fiziksel mağaza maliyetleri, kiralama, dekorasyon, personel maliyetleri gibi giderler ortadan kalkar. Bununla birlikte, e-ticaretle lojistik maliyetleri de artabilir. Ürünlerin depolanması, ambalajlanması, kargoya verilmesi gibi süreçler ek maliyetler doğurabilir. Ancak bu maliyetler, geleneksel mağazalara göre genellikle daha düşük olabilir. Bunun yanı sıra, e-ticaretin ölçek ekonomisinin avantajı sayesinde, büyük miktarlarda satış yapılması durumunda lojistik maliyetler daha da düşebilir.